Pan oedd Morgan yn blentyn fe aeth Eglwys Loegr (a oedd yn cynnwys pedair esgobaeth Cymru) drwy broses o Brotestaneiddio cyflym dan y Brenin Edward VI ac yna drwy adwaith Catholig pur chwyrn dan y Frenhines Mari I, ond pan oedd Morgan yn dair ar ddeg oed fe ddaeth y Frenhines Elisabeth I i'r orsedd a sicrhau mai Protestaniaeth Anglicanaidd fyddai crefydd swyddogol y deyrnas - Lloegr a Chymru - o hynny ymlaen.