Tua phedair canrif yw oed yr eglwys, ond bu adeilad o fath yma ers y bumed ganrif pan gysegrwyd yr eglwys gyntaf i Ddwynwen.
Pan gysegrwyd Thomas Bec yn esgob ar esgobaeth Tyddewi, canfu fod llawer o gymdeithasau eglwysig a oedd wedi goroesi'r canrifoedd yn bodoli yn ei esgobaeth.