Daeth yr ymosodiad ddiwrnod wedi i Arafat ddweud iddo ofyn i wyr arfog beidio saethu at yr Israeliaid yn yr ardaloedd sydd dan reolaeth y Palesteiniaid.
Mi fydd y fyddin yn ymosod ar arweinwyr y Palesteiniaid sy'n gyrru plismyn i ymosod arnon ni," meddai'r Uwchfrigadydd Yom-Tov Samia, pennaeth y fyddin yn ne'r wlad.
Yn ôl aelod o'r cabinet Binyamin Ben-Eliezer, mae'n debyg y bydd Israel yn gollwng eu polisi o ymatal" er mwyn gallu ymateb i strategaeth "mwy gwaedlyd" y Palesteiniaid.
Cafodd y milwr ei ladd a dau arall eu hanafu ger tref Iddewig yn Llain Gaza yn ystod ymosodiad ar doriad gwawr gan un o grwpiau Fatah sydd â chysylltiad ag Arlywydd y Palesteiniaid Yasser Arafat.
Yn ôl y Palesteiniaid, ychydig wedyn ymosododd hofrenyddion Israel ar ganolfan yn perthyn i warchodwyr Yasser Arafat, ond gwadu hyn wnaeth byddin Israel.
Cafodd un o'r Palesteiniaid hefyd ei ladd.
Mae Awdurdod y Palesteiniaid wedi dechrau ymchwiliad i'r digwyddiad ac yn gofyn i'r Israeliaid beidio ymateb fel na fydd y sefyllfa'n gwaethygu," meddai llefarydd.
Yn wreiddiol, roedd y Palesteiniaid wedi sôn am gael 2,000 o filwyr y Cenhedloedd Unedig i gadw'r heddwch ar y Lan Orllewinol a Llain Gaza.
Ddydd Sadwrn pwysodd Awdurdod y Palesteiniaid ar yr Israeliaid i beidio dial wedi i filwr Israelaidd gael ei ladd gan blisman Palesteinaidd ddydd Sadwrn.